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一、　 PI介绍 

王文，博士生导师，现为中国科学院昆明动物所研究员，副所长，中德马普进化基因组学青年科学家小组组长，遗传资源与进化国家重点实验室学术委员会副主任。

1989年毕业于武汉大学生物系, 获学士学位。1992年在已故动物遗传学家施立明院士指导下在中国科学院昆明动物研究所获得硕士学位。1995年10月-1996年6月在美国哥伦比亚大学作访问学者。1996年在施立明和吴鹤龄教授指导下在昆明动物研究所获得博士学位。1997年8月至2002年7月美国芝加哥大学生态与进化学系博士后暨研究助理。

2004年获得国家杰出青年基金。2004年“新世纪百千万人才工程国家级首批入选者”。2005年获得国家基金委重点项目资助。2007年作为首席科学家获得了“973”项目的支持。2008年获得“中国科学院百人计划”、“中国科学院王宽诚西部学者突出贡献奖”和“谈家桢生命科学创新奖”。在分子进化和基因起源研究方面取得了一些重要结果。近些年的研究一直紧紧围绕新基因的进化和起源这一重大科学问题。目前已经分别在《Science》、《Nature》、《Nature Genetics》、《Nature Review Genetics》、《Nature Biotechnology》、《PNAS》、《Genome Research》、《Plant Cell》、《PLoS Genetics》、《Genetics》、《Mol Bio Evol》、《中国科学》、《科学通报》等一系列重要学术杂志上发表多篇论文。

已发表论文：

1. Xiang H, Zhu JD, Chen Q, Dai FY, Li X, Li MW, Zhang HY, Zhang GJ, Li D, Dong Y, Zhao L, Lin Y, Cheng DJ, Yu J, Sun JF, Zhou XY, Ma KL, He YH, Zhao YX, Guo SC, Ye MZ, Guo GW, Li YR, Li RQ, Zhang XQ, Ma LJ, Kristiansen K, Guo QH, Jiang JH, Beck S, Xia QY, Wang W*, Wang J. 2010 Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nature Biotechnology 28: 516-520
2. Li D, Dong Y, Jiang Y, Jiang HF, Cai J, Wang W*. 2010 A de novo originated gene depresses budding yeast mating pathway and is repressed by the protein encoded by its antisense strand. Cell Research 20:408-420
3. Li X, Zhao L, Jiang H, Wang W*　2009 Short homologous sequences are strongly associated with the generation of chimeric RNAs in eukaryotes. J. Mol. Evol. 68 : 56-65. (IF 3.2)
4. Jiang H, Zhang Y, Sun J, Wang W*, Gu Z*  2008 Differential selection on gene translation efficiency between the filamentous fungus Ashbya gossypii and yeasts. BMC Evolutionary Biology 8: 3. (IF 4.1)
5. Zhou, Q., and Wang, W*. 2008 On the origin and evolution of new genes--a genomic and experimental perspective. J Genet Genomics 35, 639-648.
6. Zhou Q, Zhang G,Zhang Y,Xu S, Zhao R, Li X, Ding Y, Wang W* 2008 On the origin of new genes in Drosophila. Genome Research 18:1446-1455.
7. Jiang H, Guan W, Pinney D, Wang W*, Gu Z*. 2008 Relaxation of yeast mitochondrial functions after whole genome duplication. Genome Research 18: 1466-1471 .
8. Zhou Q, Wang J, Huang L, Nie W, Wang JH, Liu Y, Zhao X, Yang F, Wang W* 2008 Neo-sex chromosomes in the black muntjac recapitulate incipient evolution of mammalian sex chromosomes. Genome Biology 9: R98.
9. Cai J., Zhao R., Jiang H., Wang W.*.2008 De novo origination of a new protein-coding gene in Sacchoramyces cerevisiae. Genetics 179:487-496.
10. Yang S, Arguello JR, Li X, Ding Y, Zhou Q, Chen Y, Zhang Y, Zhao R, Brunet F, Peng L, Long M*, Wang W*. 2008 Repetitive elements-mediated recombination as a mechanism for new gene origination in Drosophila. PLoS Genetics 4(1):e3.
11. Li X, Liang J, Yu H, Su B, Xiao C, Shang YF, Wang W^*. 2007 Functional consequence of new exon acquisition in mammalian CDYL genes. Trends in Genetics 23:427-431.
12. Zhao S, Jiang H, Wang W, Mao B. 2007 Cloning and experimental expression of the Xenopus Nkx6 gene. Dev. Gene Evol. 217: 477-483.
13. Wang, W., Zheng, H., Fan, C., Li, J., Shi, J., Cai, Z., Zhang, G., Liu, D., Zhang, J., Vang, S., Lu, Z., Wong, G. K. S., Long, M., Wang, J. 2006 High Rate of Chimeric Gene Origination by Retroposition in Plant Genomes. Plant Cell 18:1797-1802.
14. Zhou, Q., Huang, L., Zhang, J., Zhao, X., Zhang, Q., Song, F., Chi, J., Yang, F., Wang, W.* 2006 Comparative genomic analysis links karyotypic evolution with genomic evolution in the Indian Muntjac (Muntiacus muntjak vaginalis). Chromosoma 115:427-436.
15. Jiang, H, Liu, D., Gu, Z. Wang, W.* 2007 Rapid Evolution in a pair of recent duplicate segments of rice. Journal of Experimental Zoology (Mol. Dev. Evol.) 308B:50-57.
16. Yu, H., Jiang, H., Zhou, Q., Yang, J., Cun, Y., Su, B., Xiao, C., Wang, W.* 2006 Origination and evolution of a human-specific transmembrane protein gene, c1orf37-dup. Human Molecular Genetics 15:1870-1875.
17. Arguello, A. J., Chen, Y., Yang, S., Wang, W.*, and Long, M.* 2006 The Recent Origination of an X-linked Testes-specific Chimeric Gene by Illegitimate Recombination in Drosophila. PLoS Genetics 2(5): e77.
18. Yu, H., Zhao, X., Su, B., Li, D., Xu, Y., Luo, S., Xiao, C., Wang, W.* 2005 Expression of NF1 Pseudogenes. Human Mutation26:487-488.
19. Wang, W. *et al., 2005 Origin and Evolution of New Exons in Rodents. Genome Reserch15:1258-1264.
20. Peng, L., Zheng, H., Li,X., Yang, S., Chen, H., Wang, W.* 2005Origin and evolution of new exons in the rodent zinc finger protein 39 gene. Chinese Science Bulletin 50: 1120-1125.
21. Lee, W. H., Li,Y., Lai,R., Li, S., Zhang, Y., Wang, W.* 2005 Variety of Antimicrobial Peptides in the Bombina maxima Toad and Evidence of their Rapid Diversification. European Journal of Immunology 35: 1220-1229.
22. Wang, W. as one of the authors. 2005 The genome of Oryza sativa: A history of Duplications. PLoS Biology 3(2): e38.
23. Wang, W. as one of the authors in the Silkworm Genome Sequencing Consortium. 2005 A draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori). Science306: 1937-1940.
24. 李昕，杨爽，彭立新，陈宏，王文*. 2004新基因的起源与进化。科学通报，49: 1219-1225.
25. Wang, W., Yu, H., Long, M. 2004 Duplication-degeneration as a mechanism of gene fission and the origin of Drosophila new genes. Nature Genetics 36:523-527.
26. Wang, W., Thornton, K., Emerson, J. J., Long, M. 2004 Nucleotide variation and recombination along the fourth chromosome in Drosophila simulans. Genetics166: 1783-1794.
27. Long, M., Betran, E., Kevin, T., Wang, W. 2003 Origin of new genes: Glimpses from the young and old. Nature Review Genetics4: 856-875.
28. Wang, W. , Brunet, F. G., Nevo, E., Long, M. 2002 Origin of Sphinx, a young chimeric RNA gene in Drosophila melanogaster. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99:4448-4453.
29. Betran, E., Wang, W., Jin, L., Long, M. 2002 Evolution of the phosphoglycerate mutase processed gene in human and chimpanzee revealing the origin of a new primate gene. Mol. Biol. Evol. 19: 654-663.
30. Wang, W., Thornton, K., Berry, A., and Long, M. 2002 Nucleotide variation along the fourth chromosome of Drosophila melanogaster. Science 295: 134-137.
31. Wang, W., Zhang, J., Alvarez, C., Llopart A., and Long M. 2000. The origin of the jingwei gene and the complex modular structure of its parental gene, yellow emperor, in D. melanogaster. Mol Biol. Evol. 17: 1294-1301.
32. Wang, W. and Lan, H. 2000 Rapid and parallel chromosomal number reductions in muntjac deer inferred from mitochondrial DNA phylogeny. Mol. Biol. Evol. 17: 1326-1333.
33. Wyckoff, G., Wang, W., and Wu, C.-I. 2000 Rapid evolution of male reproductive genes in the descent of man. Nature, 403: 304-309.
34. Yu, H., Wang, W. (same contribution as the 1st author), Fang, S., Zhang, Y-P., Lin, F.-J., and Geng, Z.-C. (1999). Phylogeny and evolution of the Drosophila nasuta subgroup based on mitochondrial ND4 and ND4L gene sequences. Mol. Phylogenet. Evol. 13: 556-565.
35. Long, M., Wang, W., and Zhang, J. 1999 Origin of new genes and source for N-terminal domain of the chimerical gene, jingwei, in Drosophila. Gene, 238: 135-142.
36. Wang, W, Forstner, M. R. J., Zhang, Y.-P., Liu, Z.-M., Wei, Y., Hu, H.-G., Xie, Y.-X., Wu, D.-H., and Melnick, D. J. 1997 A phylogeny of Chinese leaf monkeys using mitochondrial ND3-ND4 gene sequences.  Int. J. Primotol., 18: 305-320.
37. Wang, W., B. Su, H. Lan, R.-Q. Liu, and Y.-P. Zhang. 1996　 Phylogenetic relationships among six species of Macaca inferred from ribosomal DNA variations. Chinese J. Genet., 23: 247-254.
38. Wang, W., Su, B., Lan., H., Zhang, Y. P., Lin, S. Y., Liu, A. H., Liu, R. Q., Ji, W. Z, Hu. H. G., Xie, Y. X., and Wu, D. H. 1995 Phylogenetic relationships among two golden monkey species and three leaf monkey species within Colobinae inferred from ribosomal DNA restriction site variation. Folia Primatol., 65: 138-143.
39. Wang, W., Lan, H., Su, B., and Shi, L. M 1995 Random amplified DNA polymorphism in four minorities of Yunnan Province. Chinese Science Bulletin, 40:158-163.
40. Wang, W., Liu A. H., Lin, S. Y., Lan, H., Su, B., Xie, D. W., and Shi L. M. 1994 Multiple genotypes of mitochondrial DNA within a horse population from a small region in Yunnan province of China. Biochemical Genetics, 32: 371-378.
41. Wang, W., Lin, F. Y. and Shi, L. M. 1994 Mitochondrial DNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans. I. Remarkable mtDNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans. Science in China (series B), 37:1329-1340.
42. Wang, W., Lin, F. Y. and Shi, L. M. 1994 Mitochondrial DNA polymorphism in the natural populations of Drosophila albomicans. II. Genetic differentiation among different geographic populations. Chinese J. Genet., 21: 147158.

 

二、实验室研究方向介绍

在这个后基因组学时代，理解浩如烟海的基因组学数据不仅是一个热门的话题，更是一件具有挑战性的科学课题。本实验室侧重于了解在进化历程中基因组新结构及其功能产生的机制和过程。主要包括研究新基因起源和进化的机制，以及以新基因为切入点研究新的通路和网络形成和进化的规律，最终希望以整合遗传、进化和发育的方式，了解遗传、表型形成和生物适应的关系。

在未来几年里，我们将主要围绕基因组中新基因、新功能的起源进化和基因组的进化机制进行研究。现阶段主要有以下研究方向：

　1、年轻新基因的起源进化及其在生物发育和进化中的作用。遗传、发育和进化是生命科学中的本质问题。传统的进化发育生物学（Evo-Devo）更多是探讨动物中古老的、共有的发育机制，很多看法和假说难以在物种分化的水平得到验证和阐释。最近Evo-Devo的新发展则主要侧重于种内或近缘种间基因的调控改变。但我们近期关于新基因及其功能起源进化的研究表明，一个崭新基因的出现能对表型或发育过程产生重要的影响。我们计划利用我们过去几年中在果蝇中鉴别出来的一批年轻新基因，结合分子进化、进化基因组学、转基因和基因敲出、基因芯片、蛋白双向电泳、蛋白相互作用、表型分析等技术手段，阐明这些与动物发育和进化相关的新基因及其新功能的起源进化机制，并以它们为模型揭示新pathway起源进化和维持调整的机制，对比其他无新基因的近缘物种探讨发育上新功能和性状的发生对物种适应的意义，开辟一条认知遗传、发育和进化统一的新道路。

2、新pathways起源进化的机制。我们将利用酵母、果蝇等作为模型，以年轻新基因为切入点，研究一个新基因出现后，是怎样组织新的pathways或调控老的pathways。

3、人工选择和基因组进化的机制。家养动物和栽培作物是人类文明和社会赖以存在和发展的重要物质基础。但是，自达尔文首次系统论述家养动物和栽培植物因人工选择而发生显著变异的现象以来，因为囿于人工选育性状的复杂性及其往往不遵循典型的孟德尔遗传方式，人们对于人工选择的遗传机制和在人工选择下基因和基因组的变化、进化规律依然知之甚少，甚至比我们对自然选择机制的了解还少。随着基因组数据的大量积累和进化基因组学研究理论和技术的迅猛发展，现在我们已可以在基因组的大尺度水平系统研究人工选择的遗传作用机制。本研究课题计划通过对驯养生物及其野生种基因组水平和表观基因组学（epigenomics）水平的大规模比较分析，定义受人工选择作用的大量基因和基因组区域，归纳总结人工选择作用的遗传机制和一般规律。利用规模化的转基因技术，鉴别出一批与人工选择性状相关的重要基因，为遗传和基因工程育种提供重要的理论指导和基因及品系资源。

4、其他进化基因组学研究课题，如动物毒素基因的起源进化、新性染色体的进化、新外显子的进化等。

 三、在研项目

类型	项目名称	起止时间	项目主持人
国家重点基础研究发展计划（973计划）项目	人工选择与基因组进化	2007.7-2011.8	王文（首席科学家）
中科院知识创新工程重要方向项目	动物发育中新基因及其功能的产生和进化	2007.10-2010.10	王文
云南省应用基础研究重点项目	水稻基因资源的规模化功能鉴定	2009.1-2011.12	王文
农业部转基因生物新品种培育重大专项	用进化基因组学方法规模化克隆鉴定水稻经济性状基因	2009.1-2010.12	王文
国家自然科学基金委-面上项目	家蚕在人工驯化过程中基因组的表观遗传学变化	2009.1-2011.12	相辉
国家自然科学基金委-青年科学基金项目	干细胞相关基因的起源和进化	2009.1-2011.12	任立晨
国家自然科学基金委-重大研究计划-细胞编程和重编程的表观遗传学机制	家蚕在人工驯化过程中基因组的表观遗传学进化	2010.1-2013.12	王文
国家自然科学基金委-重点项目	年轻新基因在果蝇发育和进化中的作用	2010.1-2013.12	王文

 

四、实验室成员

姓名	职务	邮件	联系电话
王文	PI，研究员	wwang@mail.kiz.ac.cn	0871-5192979
杨爽	助理研究员	yangshuang@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
张越	助理研究员	zhangyue@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
赵若苹	助理研究员	zhaorp@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
李昕	助理研究员	lixin@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
李学燕	助理研究员	lixy@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
相辉	博士后	xiangh@mail.kiz.ac.cn	0871-5192975
任立晨	博士后	renlichen@sina.com	0871-5192975
张文广	博士后	atcgnmbi@yahoo.com.cn	0871-5192975
李丹	博士生	genetics19992000@yahoo.com.cn	0871-5192975
蔡晶	博士生	caij04@post.kiz.ac.cn	0871-5192975
丁昀	博士生	cloudydancer@hotmail.com	0871-5192975
占祖兵	博士生	zhanzb05@post.kiz.ac.cn	0871-5192975
张国捷	博士生	zhanggj@genomics.org.cn	0871-5192975
董扬	博士生	loyalyang@163.com	0871-5192975
赵莉	博士生	zhaoli_bio@163.com	0871-5192975
姜雨	博士生	jiangyu96@163.com	0871-5192975
徐讯	博士生	xux07@post.kiz.ac.cn	0871-5192975
任娟	硕士生	renjuan20034170@126.com	0871-5192975
吕俊	硕士生	lvjun19870423@126.com	0871-5192975
杨德英	硕士生	deying0001@163.com	0871-5192975

 

五、 近五年发表的代表性文章

1. Xiang H, Zhu JD, Chen Q, Dai FY, Li X, Li MW, Zhang HY, Zhang GJ, Li D, Dong Y, Zhao L, Lin Y, Cheng DJ, Yu J, Sun JF, Zhou XY, Ma KL, He YH, Zhao YX, Guo SC, Ye MZ, Guo GW, Li YR, Li RQ, Zhang XQ, Ma LJ, Kristiansen K, Guo QH, Jiang JH, Beck S, Xia QY, Wang W*, Wang J. 2010 Single base–resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nature Biotechnology 28: 516-520 
2. Li D, Dong Y, Jiang Y, Jiang HF, Cai J, Wang W*. 2010 A de novo originated gene depresses budding yeast mating pathway and is repressed by the protein encoded by its antisense strand. Cell Research 20:408-420 
3. Li X, Zhao L, Jiang H, Wang W*.  2009 Short homologous sequences are strongly associated with the generation of chimeric RNAs in eukaryotes. J. Mol. Evol. 68 : 56-65. 
4. Jiang H, Zhang Y, Sun J, Wang W*, Gu Z*  2008 Differential selection on gene translation efficiency between the filamentous fungus Ashbya gossypii and yeasts. BMC Evolutionary Biology 8: 3. 
5. Zhou, Q., and Wang, W*.  2008 On the origin and evolution of new genes--a genomic and experimental perspective. J Genet Genomics 35, 639-648. 
6. Zhou Q, Zhang G,Zhang Y,Xu S, Zhao R, Li X, Ding Y, Wang W*. 2008 On the origin of new genes in Drosophila. Genome Research 18:1446-1455. 
7. Jiang H, Guan W, Pinney D, Wang W*, Gu Z*. 2008 Relaxation of yeast mitochondrial functions after whole genome duplication. Genome Research 18: 1466-1471 . 
8. Zhou Q, Wang J, Huang L, Nie W, Wang JH, Liu Y, Zhao X, Yang F, Wang W* 2008 Neo-sex chromosomes in the black muntjac recapitulate incipient evolution of mammalian sex chromosomes. Genome Biology 9: R98.  
9. Cai J., Zhao R., Jiang H., Wang W.*.2008 De novo origination of a new protein-coding gene in Sacchoramyces cerevisiae. Genetics 179:487-496. 
10. Yang S, Arguello JR, Li X, Ding Y, Zhou Q, Chen Y, Zhang Y, Zhao R, Brunet F, Peng L, Long M*, Wang W*. 2008 Repetitive elements-mediated recombination as a mechanism for new gene origination in Drosophila. PLoS Genetics 4(1):e3.  
11. Li X, Liang J, Yu H, Su B, Xiao C, Shang YF, Wang W^*. 2007 Functional consequence of new exon acquisition in mammalian CDYL genes. Trends in Genetics 23:427-431. 
12. Zhao S, Jiang H, Wang W, Mao B. 2007 Cloning and experimental expression of the Xenopus Nkx6 gene. Dev. Gene Evol. 217: 477-483. 
13. Wang, W., Zheng, H., Fan, C., Li, J., Shi, J., Cai, Z., Zhang, G., Liu, D., Zhang, J., Vang, S., Lu, Z., Wong, G. K. S., Long, M., Wang, J. 2006 High Rate of Chimeric Gene Origination by Retroposition in Plant Genomes. Plant Cell 18:1797-1802.  
14. Zhou, Q., Huang, L., Zhang, J., Zhao, X., Zhang, Q., Song, F., Chi, J., Yang, F., Wang, W.* 2006 Comparative genomic analysis links karyotypic evolution with genomic evolution in the Indian Muntjac (Muntiacus muntjak vaginalis). Chromosoma 115:427-436. 
15. Jiang, H, Liu, D., Gu, Z. Wang, W.* 2007 Rapid Evolution in a pair of recent duplicate segments of rice. Journal of Experimental Zoology (Mol. Dev. Evol.) 308B:50-57. 
16. Yu, H., Jiang, H., Zhou, Q., Yang, J., Cun, Y., Su, B., Xiao, C., Wang, W.* 2006 Origination and evolution of a human-specific transmembrane protein gene, c1orf37-dup. Human Molecular Genetics 15:1870-1875. 
17. Arguello, A. J., Chen, Y., Yang, S., Wang, W.*, and Long, M.* 2006 The Recent Origination of an X-linked Testes-specific Chimeric Gene by Illegitimate Recombination in Drosophila. PLoS Genetics 2(5): e77. 
18. Yu, H., Zhao, X., Su, B., Li, D., Xu, Y., Luo, S., Xiao, C., Wang, W.* 2005 Expression of NF1 Pseudogenes. Human Mutation26:487-488. 
19. Wang, W. *et al., 2005 Origin and Evolution of New Exons in Rodents. Genome Reserch15:1258-1264.　 
20. Peng, L., Zheng, H., Li,X., Yang, S., Chen, H., Wang, W.* 2005Origin and evolution of new exons in the rodent zinc finger protein 39 gene. Chinese Science Bulletin 50: 1120-1125. 
21. Lee, W. H., Li,Y., Lai,R., Li, S., Zhang, Y., Wang, W.* 2005 Variety of Antimicrobial Peptides in the Bombina maxima Toad and Evidence of their Rapid Diversification. European Journal of Immunology 35: 1220-1229. 
22. Wang, W. as one of the authors. 2005 The genome of Oryza sativa: A history of Duplications. PLoS Biology 3(2): e38. 
23. Wang, W. as one of the authors in the Silkworm Genome Sequencing Consortium. 2005 A draft sequence for the genome of the domesticated silkworm (Bombyx mori). Science306: 1937-1940. 
24. 李昕，杨爽，彭立新，陈宏，王文*. 2004新基因的起源与进化。科学通报，49: 1219-1225. 
25. Wang, W., Yu, H., Long, M. 2004 Duplication-degeneration as a mechanism of gene fission and the origin of Drosophila new genes. Nature Genetics 36:523-527. 
26. Wang, W., Thornton, K., Emerson, J. J., Long, M. 2004 Nucleotide variation and recombination along the fourth chromosome in Drosophila simulans. Genetics166: 1783-1794.