鸡形目是一个在世界范围里广布的种类。雉科在该目里成员最多，关系最复杂。中国拥有世界上雉科近1/3的种类，其中又有大约1/3是我国的特产种，有“雉类的王国”之称。该目包含了人们所熟悉以及有重要经济价值的家鸡，火鸡，鹌鹑等；也包含了很多稀有的观赏鸟类，比如红腹锦鸡，红腹角雉，白鹇等。由于它们具有重要的科学与经济价值，鸡形目的研究倍受关注。然而到目前为止，它们的系统发育关系仍然混淆不清，很多研究得出互相矛盾的结果，尤其是雉科物种的系统发育关系十分复杂。在昆明动物研究所张亚平院士的带领下，博士生沈永义与本所杨晓君课题组以及四川大学岳碧松教授合作，分析了鸡形目34个种的线粒体全基因组，得到了支持率较高的系统树，为澄清鸡形目，特别是雉科长期混淆不清的系统发育关系提供了重要的证据。他们的结果提示，传统上根据形态等划分的雉类、鹑类、孔雀类以及角雉类可能都不是单系，也就是说雉科形态发生了多次的趋同进化，导致了依赖外形的传统分类的困难。而之前根据单个基因或者少数几个基因的研究，各个节点支持率很低，留下很多颇有争议的系统发育关系。这些问题在本研究中得到较好的解决，说明线粒体全基因组分析是解决这种快速辐射进化类群系统发育关系的有效途径。他们的结果为进一步研究雉科的辐射分化、雌雄二色性和飞行能力的多次独立退化等提供了很好的基础。该研究发表近期在国际著名杂志BMC Evolutionary Biology 上（http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/132）。