乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤, 流行病学研究显示乳腺癌发病率近年来增加了3.1％，仍然是女性癌症死亡的首要原因。2012年全世界约有522,000名女性死于乳腺癌，其中在发展中国家有324,000名，占所有癌症死亡人数的14.3％。大量研究表明转录因子在乳腺癌细胞的增殖，侵袭和迁移中发挥关键作用。疾病中的跨组织基因表达比较将帮助我们理解全局调控关系并揭示可作为合适药物靶标的新候选基因。以往的研究已经揭示了乳腺癌中一些异常的代谢途径，潜在的生物标志物和药物靶基因。但是目前尚未有研究报道乳腺癌不同组织中转录调控的比较。 

　　之前，中国科学院昆明动物研究所黄京飞课题组开发了一套基因表达数据整合分析的新方法，并用该方法比较了阿兹海默疾病和精神分裂症学习记忆功能的差异（Li WX et al. J Alzheimers Dis. 2016）以及抗中风靶标的性别异质性（Li WX et al. PeerJ. 2016）。新近，我们利用该方法整合了14个乳腺癌的基因表达数据集，包括3种组织：乳腺、血液和唾液。我们利用上述基因表达数据和人类转录因子数据库TRRUST构建了乳腺癌组织特异性的转录调控网络。我们发现乳腺癌不同组织的转录调控关系有着显著的差异。其中乳腺组织中有大量的转录因子下调，而这些转录因子在血液中无变化或呈上调趋势。比如EGR1在乳腺组织中下调，而后抑制PPARG活性，引起下游脂代谢相关基因表达下调，最终导致一系列脂代谢异常。与之相反，EGR1在血液中呈现上调，没有引起脂代谢异常。该研究揭示了转录调控网络在乳腺癌不同组织中的异质性，为今后乳腺癌的靶向治疗提供了有价值的信息。 

　　该研究于2016年12月27日在线发表在《Oncotarget》杂志上。（http://www.impactjournals.com/oncotarget/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=14286&author-preview=b0u）。黄京飞组硕士研究生李文兴、安徽大学生命科学学院何侃、汤玲为论文的共同第一作者，安徽大学刘大海教授和黄京飞研究员是论文的共同通讯作者。该工作得到了科技部973项目、国家自然科学基金的资助。