过去三十多年来，东南亚地区古人类学、考古学和古基因组学研究的话语权由西方研究团队牢牢掌握。自2023年以来，中国科学院昆明动物研究所分子古生物学&昆明动物博物馆团队与印度尼西亚国家研究与创新署（BRIN）史前考古中心、印尼史前与南岛语族研究中心（CPAS, Center for Prehistory and Austronesian Studies, Indonesia）以及印尼萨蒂亚·瓦卡纳基督大学（Satya Wacana Christian University）医学与健康科学系建立了稳定合作关系，签署多方合作协议，拟联合长期深入开展从史前人类到现代民族演化历史的多学科交叉融合研究，并通过国际史前与原始科学联合会（UISPP）年会和中国科学院PIFI国际资深专家项目等渠道，开展了多次互访、联合野外调查和学术交流（图1）。

近日，中-印尼分子考古联合研究团队对北苏门答腊Loyang Mendale洞穴遗址出土的古人样本开展古基因组学研究，并整合东南亚岛屿已发表的古今人群基因组数据，系统重建了印度尼西亚群岛以华莱士线（Wallace’s Line）为界的东—西向遗传分化形成历史。相关研究成果发表于Cell Press旗下综合期刊iScience。

万岛之国的史前谜题：华莱士线如何塑造人群分化

印度尼西亚由1.7万多个岛屿组成，位于亚洲大陆、东南亚群岛和大洋洲交汇地带，是全球语言、文化和人群遗传多样性最丰富的区域之一。穿越印尼中部海域的华莱士线长期被视为重要生物地理边界：其西侧的苏门答腊、爪哇和婆罗洲在冰期前曾与亚洲大陆相连，东侧的苏拉威西、马鲁古和新几内亚等地区则长期受到深海阻隔。

现代遗传学和考古学研究显示，印尼西部人群主要携带东亚和东南亚大陆相关祖源，东部人群则保留较高比例的巴布亚相关祖源。然而，这种显著差异究竟形成于晚近人群交流，还是源自更早的史前分化，此前因印尼西部古基因组数据稀缺而长期缺乏直接证据。

关键遗址：湖畔洞穴记录西部印尼人群演化线索

本研究聚焦的Loyang Mendale洞穴位于印尼亚齐省中亚齐县Lut Tawar湖畔附近。“Loyang”在当地Gayo语（南亚语系-孟高棉语族）中意为岩厦或洞穴。该遗址距湖岸约50米，周边淡水、贝类、鱼类和陆生动物资源丰富，为史前人群居住、采集和狩猎提供了适宜条件。考古研究显示，Loyang Mendale洞穴具有连续而复杂的文化堆积，既保存有和平文化（Hòabìnhian）相关的苏门答腊器（Sumatralith石器）、骨器和贝壳遗存，也出土了新石器时代以来的磨制石器、饰品、陶器、红衣陶和墓葬遗迹。该遗址由此成为连接东南亚大陆和平文化传统、南岛语系扩散和印尼西部人群演化的重要考古节点。

古基因组“破题”：东西分化不是晚近偶然

研究团队从Loyang Mendale洞穴成功获得距今约3300年和1700年的两例古人基因组数据，填补了印尼西部古基因组资料长期不足的关键空白。研究结果表明，印尼群岛的东西向遗传差异并非仅由晚近人群流动造成，而是在全新世早期已经形成的区域分化基础上不断被强化。

研究发现：

·印尼西部古人群与东南亚大陆和平文化及新石器时代人群关系更为密切；

·印尼东部古人群与巴布亚相关人群共享更多遗传联系；

·南岛语系扩张虽将东亚相关祖源、农业技术、航海能力和陶器传统广泛带入印尼群岛，但并未抹去华莱士线两侧原有的区域差异。

这些发现说明，华莱士线所代表的深海阻隔不仅影响动物和植物区系分布，也在史前人群迁徙、隔离和混合过程中发挥了长期作用。

两阶段模型：深层分化与多重迁徙共同塑造今日格局

基于古基因组与考古证据，研究提出了印度尼西亚人群东-西遗传分化形成的“两阶段模型”。第一阶段发生在全新世早期或更早时期：印尼西部与东南亚大陆和平文化相关狩猎采集人群具有较近亲缘，印尼东部则以Toalean文化相关狩猎采集者所代表的巴布亚相关祖源为重要基础。深海华莱士线长期限制东西两侧人群交流，促成了早期遗传分异。

第二阶段发生在新石器时代以来：约4000—5000年前开始的南岛语系扩散广泛影响印尼群岛；在此基础上，印尼西部继续受到东南亚大陆新石器时代或金属时代相关人群的基因流影响，东部则经历来自新几内亚或巴布亚相关人群的回流。多次迁徙、混合与区域连续性叠加，最终塑造出现代印尼人群“深层分化、多层叠加、区域延续”的遗传格局（图2）。

从古DNA到海岛文明史：重绘东南亚群岛人群迁徙图景

该研究首次以印尼西部高质量古基因组证据证明，华莱士线不仅是经典生物地理分界线，也是理解海岛东南亚史前人群分化的重要地理屏障。研究揭示，印尼群岛现代人群的形成并非单次迁徙或单一祖源替换的结果，而是早期区域分化、南岛语系扩张、东南亚大陆人群迁徙和巴布亚相关人群回流共同作用的结果。

这一发现为理解南岛语族起源与扩散、海岛东南亚跨岛迁徙网络以及全球海岛人群多样性形成机制提供了新的关键证据。未来，进一步获取苏门答腊、婆罗洲、苏拉威西、小巽他群岛及其他关键过渡区域的古基因组和科技考古数据，将有助于更精细地还原印度尼西亚群岛内部的人群迁徙路线、混合过程和文化传播机制。

研究论文信息

·论文题目：Reconstructing the west-east genetic division in Indonesia using ancient genomes

·期刊：iScience

·第一作者：徐煜（昆明动物研究所客座、厦门大学）、周慧（昆明动物研究所）、赵银辉（昆明动物研究所）、王贤（昆明动物研究所）

·通讯作者：张晓明（昆明动物研究所）、Ketut Wiradnyana（BRIN）、王传超（复旦大学）、吉学平（昆明动物博物馆）

·合作单位：昆明动物研究所、BRIN、厦门大学、云南省文物考古研究所等

·项目资助：国家自然科学基金、国家重点研发计划、云南省兴滇英才支持计划“云岭学者”、福建省自然科学基金、国家社会科学基金等项目

·论文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004226013490

图1. 中-印尼团队联合野外调查和学术互访

图2. 印度尼西亚群岛东-西遗传分化形成历史模型