2012年，研究所共发表论文315篇，其中SCI（含EI）论文233篇。其中，五年IF>9以上的论文19篇，1篇Nature Biotechnology，1篇Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics，1篇Nature Genetics，cell 2篇，1篇Molecular Psychiatry，1篇Ecology Letters；申请专利29项，授权专利12项，其中“5-甲基-1,3苯二酚或其衍生物用于制备治疗或预防抑郁症的药物或功能食品中的用途”国际专利2012年新获得墨西哥、新西兰、新加坡、俄罗斯四个国家授权。

2.获奖成果

王文研究团队取得的研究成果“年轻新基因起源和遗传进化的机制研究”获2012年国家自然科学奖二等奖。该项目首次在全基因组水平系统揭示了新基因起源的一般模式和各种分子机制的贡献；首次以实证了基因可以从头起源；开创性地系统研究了基因的基本单元-外显子的起源进化。该研究成果被The Scientist、Nature Reviews Genetics、Faculty1000等报道和推荐。本项目的新发现不仅解答了新基因如何起源这个长期悬而未决的生物学难题，而且为当前新遗传特征如家养动植物的新性状起源进化研究提供了坚实、系统的理论基础，具有重要的理论指导和实践意义，标志着我所“一三五”重大突破取得了重大阶段性进展。

3.重要科研成果或进展

1）中国科学院昆明动物研究所联合深圳华大基因研究院、美国犹他大学、法国国家农业研究所、澳大利亚联邦科学与工业研究组织、内蒙古农业大学、华中农业大学等科学家合作，解析了山羊的基因组。该项目整合使用了新一代测序（NGS）技术和最新的DNA单分子光学作图（Whole Genome Mapping）技术，克服了NGS短读支架（short read scaffold）的局限，生成长超长大片段支架，完成装配达到近染色体水平，成为首个不依赖于遗传图谱而组装到染色体水平的大型基因组。此外，通过微量RNA转录组技术，该研究首次全面揭示了山羊绒囊、毛囊的在转录层面的差异，鉴定了50多个与山羊绒形成密切相关的基因，为提高绒品质和我国特有资源绒山羊的选育提供了参考基因资源。该研究成果于2012年12月底在线发表在Nature Biotechnology上。 除此之外，研究组还搭建了山羊基因组数据库（http://goat.kiz.ac.cn/GGD）。

2）张亚平院士研究团队通过对耳蜗的Cadherin 23 (Cdh23) 基因和它的配体Protocadherin 15 (Pcdh15)基因，以及神经信号传导的Otoferlin (Otof)基因进行分析，发现这三个基因在有回声定位的物种里面都发生了显著的趋同进化，而且Cdh23和Pcdh15基因在有回声定位的物种里发生了正选择。进一步对不同大脑皮层的Otof基因表达丰度分析表明，该基因的表达丰度在有回声定位的蝙蝠的听皮层里面最高，远远高于其他皮层，以及高于该种蝙蝠胚胎期的听皮层和其他没回声定位蝙蝠的各种皮层。因此，该研究从声音感知到神经信号传导，以及分子序列进化到基因表达丰度变化，受体和配体相互作用等方面比较系统地研究回声定位的进化，并第一次从分子水平揭示了大脑以及基因表达丰度的改变在回声定位起源上的重要作用。该研究发表在PLoS Genetics上，并被The faculty 1000 收录。

3）来自兰州大学，深圳华大基因研究院，昆明动物研究所以及美韩等处的研究人员发表了题为“The yak genome and adaptation to life at high altitude”的文章。他们完成了雌性已驯化牦牛的基因组和转录组的测序，并且还进行了这一动物五个不同组织类型的转录组测序。从中鉴别出了SNPs，预计的蛋白编码基因，同时也将牦牛与牛的基因组进行比较基因组学分析，从中揭示了关于高海拔动物的相关遗传适应性。结果他们发现牦牛的感官知觉与能量代谢相关基因家族出现了扩展，而且研究人员还找到了牦牛代谢酶基因和与低氧条件有关的基因正选择迹象。研究人员认为，这些迹象不仅能用于识别牦牛这种动物与农艺重要性相关的遗传特征，而且也能加速人类高原反应和低氧疾病有关的机理研究。