时间/名 称	隶属关系	正、副所长	党组织领导人
1958年12月-1962年2月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所 长：刘崇乐 副所长：潘清华 （主持日常工作）	潘清华同志任党支部书记
1962年2月-1966年5月 中国科学院西南动物研究所	中国科学院 西南分院	所 长：（缺） 副所长：潘清华、 晋绍武	晋绍武同志任党支部书记 王洪同志任党支部副书记
1966年5月-1968年12月 中国科学院西南动物研究所	中国科学院 西南分院	所 长：潘清华 副所长：晋绍武	“文化大革命”开始后，党的活动陷于停顿。1966年10月10日省科委党委批准田岐山、于莲池、邓向福同志组成临时支部委员会，田岐山任支部书记。
1968年12月-1970年3月 中国科学院西南动物研究所革命委员会	中国科学院 西南分院	所革委会主任：（缺） 副　 主　 任：晏连生	黄友宝同志兼任党支部书记张宝和同志任专职副书记
1970年3月 云南省动物研究所	云南省指定昆明市农水组代管		1970年西南分院撤消，西南动物研究所下放云南省，以军、工宣队为主的五人代表组成了云南省动物研究所
1972年4月-1976年10月 云南省动物研究所	云南省文卫组科技办公室领导	所革委会主任：张辛三 （军代表） 副　 主　 任：王 洪 潘清华 晏连生	1972年4月成立第一届党委，张辛三同志任党委书记，1973年11月张辛三同志回部队后由王洪同志担任党委书记。晏连生、王洪、张成桂同志任副书记。
1976年10月-1978年3月 云南省动物研究所	云南省科委	所革委会主任：（缺） 副主任：潘清华、李占成、 陈松强、孙 欣	党委书记：（缺），党委副书记由陈家杰（主持日常工作）、潘清华、张成桂、刘兆辉同志担任。
1978年3月-1984年4月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院 云南省科委	所 长：潘清华 副所长：刘雅南、马德三 李占成、施立明	刘兆辉同志任党委书记，潘清华、刘雅南同志任副书记。
1983年12月-1984年4月 中国科学院昆明动研究所	中国科学院	代所长：施立明 副所长：张汉云、周凤翔	1982年5月成立第二届党委，刘兆辉、李南、汪范为同志任党委书记，刘雅南同志任副书记。 1983年8月刘兆辉同志离休，由李南同志代理党委书记。第二届党委选举产生时，任程学周同志为纪律检查小组组长。
1984年4月-1987年7月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所 长：施立明 副所长：张汉云、黄顺友	1986年1月成立第三届党委，汪范为同志任党委书记，刘雅南同志任副书记。 1984年9月，党委会议讨论，林清策同志任纪委专职副书记。 第三届党委于同时设立纪律检查委员会，中共云南省委批复同意李朝达同志任纪委书记，王学安、欧阳德同志为纪委委员。
1987年7月-1992年5月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：施立明 副所长：熊 江、黄顺友	1989年6月成立第四届党委，汪范为同志任党委书记。施立明、熊郁良、杨大同、李朝达同志为党委委员。
1992年5月-1996年7月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：施立明 副所长：熊 江、黄顺友、季维智 1994年5月施立明所长病逝，由熊江任常务副所长	1993年2月成立第五届党委，汪范为同志任党委书记。施立明、黄顺友、杨大同、邓紫云、熊江同志为党委委员。
1996年7月-2000年10月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：季维智 副所长：张亚平、况荣平	1997年3月成立第六届党委，党委书记（缺），杨君兴同志任党委副书记。季维智、张亚平、邓紫云、黄顺友同志为党委委员。
2000年10月-2005年4月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：季维智 副所长：张亚平、 杨君兴（兼）  钱金会	2000年成立第七届党委，杨君兴同志任党委书记。季维智、张亚平、邓紫云、吴鹏云为党委委员。 第七届党委同时选举产生了第一届纪委，杨君兴、邓紫云、廖雷青同志为纪委委员。杨君兴同志（党委书记）兼纪委书记。
2005年4月-2009年5月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　 长：张亚平 副所长：王 文、宿 兵、 　　　　　　　  杨君兴、钱金会	2006年1月成立第八届党委，杨君兴任党委书记。张亚平、廖雷青、邓紫云、张云同志为党委委员。 2006年1月成立第二届纪律检查委员会，杨君兴、廖雷青、邓紫云同志为纪委委员、杨君兴同志（党委书记）兼纪委书记，后增补廖雷青任纪委副书记。
2009年5月-2009年8月 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：张亚平 副所长：王 文、黄京飞	党委书记-杨君兴
2009年8月-至今 中国科学院昆明动物研究所	中国科学院	所　  长：张亚平 副所长：王 文、黄京飞、郗建勋	党委书记-郗建勋